Formations


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2018)

bilille propose tout au long de l'année 2018 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 15 et 16 mars 2018 [fiche]
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 24 et 25 mai 2018 [fiche]
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 13 et 14 septembre 2018 [fiche]
  • Analyses de variants, du 15 au 17 octobre 2018 [fiche]
  • Métagénomique, du 5 au 7 décembre 2018 [fiche]

Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Il est donc nécessaire d'être familier avec l'environnement web Galaxy pour s'inscrire. Une formation Galaxy d'une journée est organisée à cette fin le mardi 20 février, à laquelle il est nécessaire de s'inscrire séparément (voir ci-dessous).

Le module 1 est un pré-requis pour les modules suivants, hormis peut-être le module 3. Les modules 2 et 3 vont de pair, mais peuvent être suivis séparément. Les modules 4 et 5 peuvent être suivis indépendamment.

Ce cycle est pris en charge par les services formations partenaires. Les inscriptions sont closes.

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille2.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

Contacts: Guillaume Brysbaert et Hélène Touzet (mails)


Formation Initiation à Galaxy

bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Galaxy est disponible sur le cloud bilille et c'est l'environnement qui sera utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”. En savoir plus sur Galaxy

Prochaine date: mardi 20 février 2018 sur le campus Cité Scientifique, formulaire d'inscription (date limite le 31 janvier)

Programme de la formation: PDF

Intervenants: Samuel Blanck (bilille), Isabelle Guigon (bilille), Gaël Even (Gènes Diffusion)

Documents: transparents introduction à Galaxy, transparents analyse différentielle, TP manipulation de fichiers, TP analyse différentielle

Contacts: Samuel Blanck, Isabelle Guigon (mails)

Dates passées: mardi 8 novembre 2016, mercredi 23 novembre 2016, mardi 29 novembre 2016, mercredi 1er février 2017, mardi 28 février 2017


Cycle Initiation à la bioinformatique (2017-18)

Contacts: Guillaume Brysbaert et Sylvain Legrand (mails)

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Notamment, le module 1 est utile à tous les modules suivants, et le module 2 est utile au module 3 et au module 4.

  • 9-10 octobre 2017: Banques de données et utilisation de BLAST (A. Barray, fiche)
  • 16-17 novembre 2017: Alignement de séquences (S. Caboche, fiche)
  • 11-12 janvier 2018 : Prédiction de gènes et annotation de protéines (S. Legrand, fiche)
  • 17-18 mai 2018: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire (C. Poux, fiche)

Documents de cours: c'est ici

Les inscriptions sont closes. Ce cycle est pris en charge par les services formations partenaires.

Université Lille 1 → Anne-Sophie LECLERCQ, Anne-Sophie.Grare[AT]univ-lille1.fr
Université Lille 2 → Nadia BENYAHIA, nadia.benyahia[AT]univ-lille2.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

Des dates supplémentaires ont été proposées aux doctorants, dans le cadre de la formation doctorale.


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2017)

bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017 [fiche]
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017 [fiche]
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017 [fiche]
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017 [fiche]
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017 [fiche]

Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Il est donc nécessaire d'être familier avec l'environnement web Galaxy pour s'inscrire.

Le module 1 est un pré-requis pour les modules suivants. Les modules 2, 3, 4 et 5 peuvent être suivis indépendamment.

Documents de cours: c'est ici


Formations passées

Contact général pour la formation

Si vous avez la moindre question concernant le programme de formations de la plateforme, des suggestions, n'hésitez à contacter bilille@univ-lille.fr.