Formations


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2017)

bilille propose tout au long de l'année 2017 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 2 sessions identiques, la première les 6 et 7 février 2017 et la seconde les 6 et 7 mars 2017 [fiche]
  • Analyses RNA-seq, du 5 au 7 avril 2017 [fiche]
  • Analyses ChIP-seq, les 12 et 13 juin 2017 [fiche]
  • Analyses de variants, du 2 au 4 octobre 2017 (dates prévisionnelles) [fiche]
  • Métagénomique, du 6 au 8 décembre 2017 (dates prévisionnelles) [fiche]

Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Il est donc nécessaire d'être familier avec l'environnement web Galaxy pour s'inscrire.

Le module 1 est un pré-requis pour les modules suivants. Les modules 2, 3, 4 et 5 peuvent être suivis indépendamment.

Ce cycle est pris en charge par les services formations partenaires. L'inscription se fait directement auprès d'eux.

Université Lille 1 → Anne-Sophie LECLERCQ, Anne-Sophie.Grare[AT]univ-lille1.fr
Université Lille 2 → Nadia BENYAHIA, nadia.benyahia[AT]univ-lille2.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

Documents: Présentation Alignement, Données Alignement, Présentation Assemblage

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)


Formation Initiation à Galaxy

bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Galaxy est disponible sur le cloud bilille et c'est l'environnement qui sera utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”.

[ En savoir plus sur Galaxy ]

  • Prochaine date: mardi 28 février Université Lille 1, salle 013 du bâtiment B8 (métro Cité Scientifique, plan d'accès)
  • Programme de la formation: PDF

Intervenants: Samuel Blanck (bilille), Isabelle Guigon (bilille), Julie Chevalier (INSERM UMR1011), Gaël Even (Gènes Diffusion), Alexandre Loywick (Gènes Diffusion)

Documents: transparents introduction à Galaxy, transparents analyse différentielle, TP manipulation de fichiers, TP analyse différentielle

Contacts: Samuel Blanck, Isabelle Guigon (mails)

Dates passées: mardi 8 novembre 2016, mercredi 23 novembre 2016, mardi 29 novembre 2016, mercredi 1er février 2017


Cycle Initiation à la bioinformatique (2016-17)

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants.

  • 7-8 septembre 2016: Banques de données et BLAST (S. Legrand) [fiche complète]
  • 24-25 novembre 2016: Alignements de séquences (S. Caboche) [fiche complète]
  • 16-17 février 2017: Prédiction de gènes et annotation de protéines (M. Pupin) [fiche complète]
  • 11-12 mai 2017: Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire (C. Poux, S. Blanquart) [fiche complète]

Documents: c'est ici

Ce cycle est pris en charge par les services formations partenaires. L'inscription se fait directement auprès d'eux.

Université Lille 1 → Anne-Sophie LECLERCQ, Anne-Sophie.Grare[AT]univ-lille1.fr
Université Lille 2 → Nadia BENYAHIA, nadia.benyahia[AT]univ-lille2.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Vincent Chouraki, Sylvain Legrand (mails)


Contact

Si vous avez la moindre question concernant le programme de formations de la plateforme, des suggestions, n'hésitez à contacter bilille@univ-lille.fr.