Formations


Cycle Initiation à la bioinformatique (2018-19)

bilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu.

Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours, qui peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Notamment, le module 1 est utile à tous les modules suivants, et le module 2 est utile au module 3 et au module 4.

  • 8-9 octobre 2018 : Banques de données et BLAST (J.-P. Meneboo), fiche
  • 13-14 novembre 2018 : Alignement de séquences (S. Caboche), fiche
  • 17-18 janvier 2019 : Prédiction de gènes et annotation de protéines (S. Legrand), fiche
  • 25-26 avril 2019 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaire (C. Poux), fiche

Pour s'inscrire : il faut s'adresser aux services formations partenaires, en mettant Guillaume Brysbaert (guillaume.brysbaert@univ-lille.fr) en copie lors de l'envoi de votre dossier. La date limite est le 19 juillet.

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

Contacts: Guillaume Brysbaert et Sylvain Legrand (mails)


Cycle Analyse de données de séquençage à haut-débit (2018)

bilille propose tout au long de l'année 2018 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

  • Analyses ADN, 15 et 16 mars 2018 [fiche]
  • Analyses RNA-seq, bioinformatique, 24 et 25 mai 2018 [fiche]
  • Analyses RNA-seq, biostatistique, 17 et 18 septembre 2018 [fiche]
  • Analyses de variants, du 15 au 17 octobre 2018 [fiche]
  • Métagénomique, du 5 au 7 décembre 2018 [fiche]

Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Il est donc nécessaire d'être familier avec l'environnement web Galaxy, par exemple en ayant suivi la formation Initiation à Galaxy (voir ci-dessous).

Le module 1 est un pré-requis pour les modules suivants, hormis peut-être le module 3. Les modules 2 et 3 vont de pair, mais peuvent être suivis séparément. Les modules 4 et 5 peuvent être suivis indépendamment.

Ce cycle est pris en charge par les services formations partenaires. Les inscriptions sont closes.

Université de Lille → Jennifer CHOUCHAOUI, jennifer.chouchaoui[AT]univ-lille.fr
Inserm → Dorothée TERRYN, dorothee.terryn[AT]inserm.fr
CNRS → Pierre SILVEIRA, pierre.silveira[AT]dr18.cnrs.fr

Contacts: Guillaume Brysbaert et Hélène Touzet (mails)

Documents de cours: c'est ici


Formation Initiation à Galaxy

bilille organise régulièrement des formations d'initiation à l'outil Galaxy d'une journée, destinée aux biologistes et médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale.

Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Galaxy est disponible sur le cloud bilille et c'est l'environnement qui sera utilisé lors du cycle de formation “Analyse de données de séquençage à haut-débit”. En savoir plus sur Galaxy

Prochaine date: non programmée

Programme de la formation: PDF

Intervenants: Samuel Blanck (bilille), Loïc Couderc (bilille), Isabelle Guigon (bilille), Gaël Even (Gènes Diffusion)

Documents: transparents introduction à Galaxy, transparents analyse différentielle, TP manipulation de fichiers, TP analyse différentielle

Contacts: Samuel Blanck, Isabelle Guigon (mails)

Dates passées: mardi 8 novembre 2016, mercredi 23 novembre 2016, mardi 29 novembre 2016, mercredi 1er février 2017, mardi 28 février 2017, mardi 20 février 2018



Formations passées

Contact général pour la formation

Si vous avez la moindre question concernant le programme de formations de la plateforme, des suggestions, n'hésitez à contacter bilille@univ-lille.fr.